El objetivo fundamental de los Proyectos MACFLOR es elaborar un Atlas de Biología Reproductiva donde se integran imágenes que representan los aspectos reproductivos más relevantes de la Flora Macaronésica. Así, por medio del análisis de las flores y sus elementos micro-morfológicos ―cáliz (sépalos), corola (pétalos), estambres (anteras, polen) y pistilos (ovarios, estigma)―, se interpretan los aspectos funcionales de la flor y la capacidad de producir frutos-semillas.
Con el fin de cumplir este objetivo general, se consideran tres objetivos específicos con una serie de actividades asociadas: